灵帝死后，中平六年，王允受大将军何进的邀请，再次复出，枯木焕发第二春，历任从事中郎和河南尹。
这时候张让忙着和何进斗，没心思也没精力管他。
张让杀何进，卢植杀张让，再到董卓进洛阳掌权，他已经代替杨彪成为了司徒兼尚书令。
历史，悄悄将他推到了前台。
但这次，他选择了合作。
经过前几次事情的教训，现在的王允已经学会乖巧懂事，不再愤世嫉俗，有时候也会曲意奉承。董卓废少帝，袁绍他们反对，王允没反对；关东将领要造反，董卓要镇压，王允没反对；董卓要迁都，许多人反对，王允还是没有反对。
王允好象完全变了，人大概都是这样才会成熟乖巧的吧，董卓就是这么想的。
“真想不到一个人转变居然可以有这么彻底！”大家叹息道。
其实，他们的感觉都错了。
“我心永恒，唯天可知，总有一天大家会理解我的。”王允心想。
王允知道，一切反抗都是徒劳无效的，董卓的实力实在很强大，要废掉他，谈何容易，只能忍耐，虚与委蛇，等待机会。
就这样，董卓说一，王允绝不说二，董卓说三，王允绝不道四，董卓指东，王允绝不往西，一心一意，任劳任怨。
史载：“矫情屈意，每相承附，卓亦推心，不生乖疑，故得扶持王室于危乱之中，臣主内外，莫不倚恃焉。”
于是董卓感觉王允非常值得信赖，并对他委以重任，让他当上了司徒、兼尚书令，“朝政大小，悉委之于允”，真可谓信任至极。于是王允借此时机，亲自主持一些恢复王室和发展社会经济的具体事务。
接着董卓还封王允为温侯，享受五千户的租税（食五千户），大家都知道，吕布是著名的温侯，但却很少有人知道，王允才是第一任的温侯，只不过在铲除董卓之后，为酬谢吕布“大义灭亲”的壮举，王允特意辞去温侯爵位，让给吕布。
对此王允想拒绝，士孙瑞对他说：“在大事没成功之前，不能有丝毫破绽，您与董卓加官进爵，朝廷百官都瞻仰您的崇高品节，何乐而不为呢？不要因意气而误了大事啊！”王允一听有道理，便受命听封。
“奶奶的，你如果不要这个温侯，那你肯定是另有所图的，那我得当小心点了，这年头谁不想捞点油水啊。”董卓心想，原来他是在试王充，当然也有拉拢的意思。
于是董卓给的封赏王充照收，但私下里的密谋工作照做不误。
所以说董卓的毁灭，就是从王允加盟的那一刻开始。
王允首先与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人共同商议诛杀董卓的计策。为了控制一定武装力量，王允等人极力向朝廷推荐、保举羌校尉杨瓒行使左将军的权力；同时还举荐执金吾士孙瑞担任南阳太守，以便掌握一定地方势力，并且命令他借讨伐袁术为名，带领兵马出道武关，实则为多路夹击董卓作准备。但士孙瑞的行动引起了董卓的怀疑，董卓把士孙瑞留在都城不放。王允顺从董卓之意，擢升士孙瑞为仆射，另外又擢升杨瓒为尚书。
“王大人啊，我们几个没兵没权力。实在搞不定董卓老贼啊！不如再想想别的办法吧！”黄琬建议说。
“对啊，我们无一兵一卒，要真刀实枪，说什么都是白扯啊！”郑公业赞同。
“哎，说的也是啊！怎么办呢？”王充有点抓狂。
几个人商量了很多天，一无所获，真可谓一筹莫展。
“那什么的，堡垒往往不是从内部突破的吗？”王充有天夜里在月光下踱来踱去，忽然灵光一现。
堡垒的内部突破点就是吕布。