在东北，努尔哈赤在万历年间经过30多年的征战统一了女真族的全部。之后正式称汗，建立后金，接着努尔哈赤便开始了对明朝的进攻。
崇祯帝启用已经解职回乡的大将袁崇焕出任兵部尚书，督师蓟辽，平息后金叛乱。努尔哈赤被袁崇焕用大炮打死后，儿子皇太极继承了他的汗位，但是疑心太重的崇桢帝中了皇太极的反间计，结果是袁崇焕被凌迟处死，然后传首边关示众，尸体被北京民众争买而食，家被抄，但家无余资。袁崇焕死后，副将祖大寿闻讯大惊，率领部下毁坏山海关而出，直奔锦州，投奔后金。祖大寿给他的外甥吴三桂写了一封招降信，但这时的吴三桂不从。祖大寿投降后，崇祯帝派蓟辽总督洪承畴统领吴三桂等八总兵共十三万人前往救援锦州，洪承畴在镇压李自成的征战中，立了大功，但在锦州被围了六个月，食尽，被俘，投降后金，吴三桂逃走。锦州之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。
经济
面对内地农民军和边外满洲军的层层逼近，朱由检为了增加朝廷财政收入，在正常的税赋之外增加的辽饷、剿饷和练饷。合成“三饷”。
崇祯三年（1630年），增加又强征“辽饷”，亩加征银三厘。崇祯十年（1637年），为镇压农民起义，开征“剿饷”，每年加派银三百三十余万两。崇祯十二年（1639年），明廷又加征“练饷”，每年征银七百三十余万两。
辽饷、练饷、剿饷（曾议，未实施）等“三饷”的加派，成了崇祯一生的最大污点。然而，中国经济史学会副会长、中国明史学会副会长陈支平先生却说：“心平气和的分析，三饷所加，不过每亩‘九厘’银，按明末的粮价折算，尚不足十斤稻谷，这在明末的亩产量中所占的比例，微乎其微。”[70]
应该能理解到，在国家发生战争时期，适量的增加赋税乃是无可避免的。[70]清朝入关之初，多尔衮曾大义凛然地指责说：“前朝弊政厉民最甚者，莫如加派辽饷，以致民穷盗起，而复加剿饷，再为各边抽练，而后加练饷。惟此三饷，数倍正供，苦累小民，剔脂刮髓。”[71]然而又摆出一副悲天悯人的姿态，称“自顺治元年为始，凡正额之外，一切加派，如辽饷、剿饷、练饷及召买米豆尽行蠲免。”[72]然而，真正的事实却是：这蠲免“三饷”的谕旨并未严格加以贯彻，除多尔衮边外筑城加派九省额外钱粮250余万两、顺治亲政命抵额粮，及顺治末一度加征练饷，“以前项辽饷在万历年间加派，故复照旧派征”。[73]
因此，明史学家顾诚在《南明史》指出“顺治十八年还食言自肥，恢复了明朝剿饷，加赋五百多万两”。[70]
文化
崇祯帝御笔
崇祯帝御笔
崇祯二年（1629年），钦天监测量日食再次失误，而同时徐光启依靠传教士的帮助，运用西法测量却相当精确，符合天象。当崇祯皇帝责怪钦天监时，钦天监官员据实说，《大统历》承《授时历》已久，他们只是在开国二百六十年后遵守旧法而已，若因循守旧下去，以后不能无差。礼部就此再奏请开局改历，才得批准。至此开始，徐光启以六十八岁的高龄被朝廷委任为管理部事的礼部左侍郎，开创了划时代的伟业——纂修《崇祯历书》。[74]
明朝聘请来华耶稣会的龙华民（意大利人，参与短期编制）、罗雅谷（葡萄牙人）、邓玉函（瑞士人，参与短期编制）、汤若望（日耳曼人）等人参与译书，编译或节译哥白尼、伽利略、第谷、开普勒等著名欧洲天文学家的著作。从崇祯二年到崇祯七年陆续编成书。
《崇祯历书》是中国最早吸收西方先进天文学知识对中国传统历法进行改革的大型学术著作。它全面系统地介绍了西方天文学知识，形成了对中国已相对落后的传统天文学的冲击，使中国天文学的发展从此走上了一条吸收和融合西方天文学为主的新路，对推动中国天文学向近代模式发展有相当重要的作用。[75]
《崇祯历书》完成后，明末朝廷已陷入动荡之中，新历法还未及颁行，几个月后李自成即攻入北京，推行新法之事功败垂成，终明之世未得实施。[74]
崇祯帝是一个勤政的皇帝，据史书记载，他二十多岁头发已白，眼长鱼尾纹，可以说是宵衣旰食，夕惕朝乾。史志称其“鸡鸣而起，夜分不寐，往往焦劳成疾，宫中从无宴乐之事”。[77]
崇祯帝执政时期，对于后金，群臣分为主战、主和两派。崇祯帝在用人方面，起用了主战派袁崇焕。文官集团使得军中之将只重出身门第，几次大规模对后金的军事活动均遭惨败，削弱了明朝的军事力量，最终无力镇压农民军起义，间接加速了明朝灭亡。[77]
曾经强盛的明朝已经风雨飘摇，两党分庭对抗，却难寻能用之人，也确实难寻可用之人。崇祯帝即位之初在文官集团的帮助下诛灭魏忠贤阉党，却间接推动了文官集团的权利膨胀。[77]
崇祯帝与臣子的关系或可说是历史上最为尴尬诡异的时期－－相互仇视，相互依存、相互利用。崇祯在位的十七年，除了镇压农民军以及抵抗后金外，将更多的心力用于削弱文官集团的势力，并取得了一定的成效。[77-78]
尽管崇祯帝志向远大、励精图治、宵衣旰食、事必亲躬，但他既无治国之谋，又无任人之术，加上他严苛、猜忌、多疑，对大臣动辄怒斥、问罪、砍头、凌迟，其残忍和冷酷与魏忠贤相比，有过之而无不及。因为不相信文武百官，崇祯帝还频繁地调整官吏，17年间他竟然换了17个刑部尚书和50个内阁大学士。造成国家人才匮乏，有心报国的志士既不肯也不敢请缨效命。无奈之下，崇祯帝只好培植私人势力，重新起用大批太监。[53][77]与此同时，崇祯帝虽屡下罪己诏，然苛捐杂税层出不穷，民不聊生，而明末的众多农民起义也正是其贪财苛政最严重的后果。此外，在辽东战局屡败之时，不纳周皇后迁都之谏而丧失了最后的机会；