1912年4月1日，唐绍仪内阁成立。正当国人们都在为战争的和平解决而欢呼、为共和的胜利和国家的统一而感到兴高采烈，民国的起步却从一开始便显得不是那么的顺利。
危机首先在内阁中爆发。在唐绍仪组建内阁后，部分内阁成员对职位安排并不满意，他们纷纷向唐绍仪提出辞职。譬如农林总长宋教仁，这位30岁刚出头的年轻人，他认为当前有着更重要的事情要办，这小小的农林总长，完全满足不了他的雄心（他要自己组阁！）。因此，宋教仁一而再、再而三地请求辞职，弄得唐绍仪非常难堪。
内阁中的另一位同盟会员陈其美，他认为给他的工商总长职位不过是调虎离山，因此他根本就没有去北京上任，只是委托了王正廷作为次长前往北京代替他处理事务。财政总长熊希龄本是介于袁世凯势力和南方革命党之间的统一党成员（原为清末立宪派），他鉴于当时的财政问题极其困难，加上内阁中派系复杂，因此也打起退堂鼓，再三向唐绍仪请辞。
按约定，南方的国务员们在组阁之后应当即时前往北京就任，但在这种情况下，唐绍仪在发布内阁任命后只能一直滞留南京，百般劝说宋教仁等人，希望大家以大局为重，早日北上。眼看首届内阁难产，袁世凯也非常着急，他通过电报不断地对各方进行疏通，以求事态得以圆满解决。
之所以出现这种情况，主要原因还是南北双方的互不信任。由于南方革命党和袁世凯的北洋军曾经交战过，加上不久前北京又发生兵变，因此南方革命党担心北上会有危险，主张派兵护送国务员北上。这种做法，显然是将南北矛盾提前激化。
这时，身在武昌的副总统黎元洪站了出来，他一封接着一封地给南京发电报，劝告国务员们尽快北上。在电报里，黎元洪几乎是一把鼻涕一把泪的劝说道：“民国初建，国本未定，民心动摇。即使大家群策群力，尚难图存，何况各部虚悬？各位要是以灭种为旁观，以覆邦为快事，那我黎元洪宁愿垂手待毙，也无怨言！如果各位还看得起我，还请大家按照约定尽早就职，在北京的总长可以先行筹办，在南京的总长还望轻车简从，迅速启行！如果各位北上招致危险，请杀我黎元洪以谢天下！要是各位拥兵自重，以致祸端，那也当罪诸位以谢天下！要是五日之内各位还在延宕观望，那国民必认为诸位是有意弃我民国，如何得了？”
在舆论的压力下，南京的国务员们也只好勉为其难的前往北京就职。4月15日，蔡元培、宋教仁及其部分参议员随同唐绍仪一起赴京。由于当时津浦路尚未通车，一行人首先从上海坐轮船到天津，然后由天津转乘火车进京。
临时政府迁到北京后，南京的临时参议院也宣布休会，并随之北迁。4月29日，参议院在北京隆重举行开院仪式，国务总理唐绍仪和各部总长及中外各界人士纷纷出席观礼，连袁总统也亲自前来祝贺并发表演说。不过，这是袁世凯第一次到参议院，也是唯一的一次。说句实话，议会到底是干什么的、有什么样的权力和地位，恐怕袁世凯当时也不甚了了。在潜意识里，他可能还是将参议院看成是前清的资政院，不过咨询襄助罢了。
尽管有各种矛盾和冲突，但在南北双方的协调与合作下，民国初步的政治构架总算是搭了起来。到1912年四月底，距清帝退位才两个多月（离武昌起义也不过半年），民国已经初具规模，参议院、内阁、大总统都已确定（虽然它们前面都还挂着“临时”二字）。这种民主尝试，在中国历史上可谓是绝无仅有、毫无先例，而中间不过短短的两三个月，其速度不可谓不快，其成绩不可谓不大。但所谓“欲速则不达”，这民国元年的气象看起来虽说是姹紫嫣红，颇有欣欣向荣之势，但其内部隐藏的各种汹涌潜流也绝不容小视。
最根本的一个问题，也是前面所提到的《临时约法》关于总统与总理的权限划分问题。按《临时约法》的规定，临时大总统发布命令须经过国务总理副署方能生效，这规定的本意，原是要从制度上限制袁世凯的权力扩张，但可惜的是，设想看起来虽然很美，但在现实中却是行不通的。作为一个有两千多年专制传统的国家，陡然从原来的威权体系转换到一个全新的共和民主体制，其中的障碍绝非一朝一夕所能克服，甚至非数十年不能完成这个转换过程。梁启超曾说，即使清帝退位，当时最适合中国的仍旧是开明专制，这话说来不合时宜，却未必没有道理，最糟糕的是，就连开明专制也不可得，那无辜的老百姓就要遭大殃了。
就拿袁世凯与唐绍仪的关系来说，从十九世纪八十年代开始，唐绍仪便一直追随袁世凯，其僚属身份保持了近三十年，忽然有一天，袁世凯发布命令还需要唐绍仪来副署，非经唐总理的签署不能生效，这叫袁世凯如何接受得了？再者，以唐绍仪的身份地位和能力才干，如果没有袁世凯的支持，他岂能掌控当时如此复杂的局势？倘若唐绍仪从属于袁世凯，局面可能会好一点，但《临时约法》中规定的责任内阁制度想用总理去钳制大总统，特别是中外所看好的袁世凯，那就是书生之见甚至是出于私心了。事实上，在清帝退位后，没有一个人能够代替袁世凯，假如袁世凯那次真的被刺死，那天下大乱、军阀混战提前上演，应是定局。
可惜的是，唐绍仪虽然追随袁世凯近三十年，但他的骨子里却还是个书生。在清帝退位前，唐绍仪受命前去南北谈判时，他登上南下的火车后便剪去了脑后的长辫，貌似利于谈判，实则是已与清廷决裂。在南北谈判和南京组阁过程中，唐绍仪与南方的革命党相处甚欢，这就不得不引起袁世凯的怀疑与猜忌了。
按袁世凯最初的想法，他举荐唐绍仪为内阁总理，最初可能是希望唐绍仪作为自己的副手帮助处理政务，而如今唐绍仪与革命党过往甚密，那就未免有借南边的势力与自己对抗之嫌了。从事实上来说，唐绍仪虽然与革命党关系密切，但实际上仍是袁派中人，不过是因为责任内阁起见，为政见而屡屡与袁世凯相争。可问题是，袁世凯是旧派人物，哪里懂得什么总统、总理、责任内阁相互牵制的道理？在他看来，唐绍仪实在是小人得志，无礼至极，难以忍受。
就连总统府的人，每次见了唐总理前来商讨政事，都私下里愤愤不平的说：“今日唐总理，又来欺负我们总统么？”下人的观念尚且如此，身为大总统的袁世凯，他的角色如何转换得过来？现实毕竟是现实，不能用想象来代替。
有一次，唐总理因为某事与袁总统起了争执，老袁听得不耐烦了，勃然作色道：“少川，我现在已经老朽了（其实袁世凯就比唐绍仪大一岁），你来做这个总统，可好么？”唐总理骤然听得这么一句，当场就被吓得冷汗直流——这多年的僚属在官长面前，终究是硬气不起来。
由于与唐绍仪之间的抵牾过多，袁世凯干脆就撇开这个国务总理，直接指挥赵秉钧、段祺瑞等人。有了袁世凯的撑腰，原本就对袁世凯言听计从的赵、段等人更是不把这新官上任的唐绍仪放在眼里。弄到最后，赵秉钧这些人连国务会议都不去参加。如此一来，唐绍仪这个总理怎么做得下去？
譬如内阁各部人员的安排问题上，唐绍仪主张南北兼顾，但袁世凯直接命令各部仍按之前的委任，只做微调而已。在陆军部，总长段祺瑞先是推荐自己的心腹徐树铮为次长，但由于南方革命党人的不满，唐绍仪改任了原南京临时政府陆军部次长蒋作宾为新陆军次长，并委托蒋物色几个司长、部员人选随同入京，但还没有等到蒋作宾进京，段祺瑞已经安排了五个司长，以至于蒋作宾带来的人根本没有位子可以安置，结果引起了一场大风波，最后唐绍仪只得用增加司长职位的办法来摆平这事。
至于其他部的人员安排，情况也大抵如此。当时的内阁明显分为两派，袁世凯的势力与南方革命党明争暗斗得不亦乐乎，而唐绍仪本是袁派中人，立场却又接近南方革命党，当时被夹在中间又无法调和双方的矛盾，实在是苦不堪言。用他自己的话来说，“我之内阁，乃背包内阁，多任总理一日，即多负罪一日！”
人员安排还是小事情，当时最困扰新内阁的是财政问题。中国的古话说得好，“一分钱难倒英雄汉”，没有钱，再美好的蓝图，你说得天花乱坠、天女散花，哪怕是说破了喉咙，那也是白搭，最终什么事情也干不成。
巧妇难为无米之炊。作为新任内阁总理的唐绍仪同样遇到没钱这个问题，而他当时最重要的任务莫过于去搞钱了。也许有人会问，堂堂一个中华民国，怎么会没钱呢？岂不荒唐！
但现实是残酷的，当时的情况是的确没钱……要是有钱，袁世凯岂能善罢甘休、革命党又岂会妥协退让？要知道，被专制思想熏陶了几千年的中国人，在权力斗争上向来就爱走极端，胜王败寇，你死我活，从来也不懂得什么叫有风度的对抗，而辛亥革命达成清帝退位、实现共和这种皆大欢喜的结果，在中国历史上实属罕见呢。
财政上的困窘并不会因为建立了民国而有所改善，相反，由于朝代更替，原本应缴纳的税收大都没有正常收取；就是正常收取了，在局势未定的情况下，各级地方也不肯主动解送给中央啊！因此，无论是南京临时政府还是唐绍仪的北京内阁，其实都是一贫如洗的穷光蛋，只恨自己不能生出钱来。
当时还有个救急的办法，那就是向洋大人们借款。那有人要问，洋大人们为什么要发善心，借给中国钱呢？道理很简单，各位想，西方列强搞了上百年的资本主义，财富积累丰厚，而资本的天性是逐利的，中国当时有接近五万万人，那该是一个多大的市场？哪怕从每个中国人身上赚到一两银子，那就有五亿的利润，简直是不得了的数字。再者，如果拿到中国的政府项目，譬如修建铁路或者直接借款，那利润是十分可观的。
不过，这里有一个问题，那就是中国一直混乱不堪的话，外国的资本也就赚不到钱了。因此，他们需要一个人出来稳定局势……众里寻他千百度，很显然，这个人就是袁世凯了。
由此，等到袁世凯当上了民国的临时大总统，洋大人们便组成了一个四国银行团（即英国的汇丰银行、法国的东方汇理银行、德国的德华银行及美国的花旗银行），他们主动找上门来，表示可以借给巨款（利息当然不是小数字），但要求给予他们优先权。袁世凯正愁没钱办事，这送上门来的岂有拒绝之理，于是便欣然同意，并要求四国银行团先垫付四十万英镑。四国银行团财大气粗，四十万英镑当然不在话下，次日便予以交付。
随后，袁世凯又指示唐绍仪继续与四国银行团商谈善后大借款的事宜。唐总理在同四国银行团的谈判中，心情很不愉快，因为洋大人们不仅条件苛刻，而且还动辄要安插人手进行财务监督、要求抵押担保等，于是他转头一想，便用起了当年老领导李鸿章“以夷制夷”那套招数，并暗中找了比利时银行借得一百万英镑的垫款。
有了这笔借款，唐绍仪这才信心满满的前往南京组阁，在武昌、南京和上海花掉数百万两银子后方才欣然返京。但还没有等到他向袁总统报功，四国公使却发来一个照会，抗议唐总理无视四国银行团的优先权，擅自向他家借得巨款云云。
袁世凯见此照会，也知道自己理亏在先，只得推说不知此事，将责任推到唐总理的身上。唐总理正要辩解，袁总统却教了他一个方法，让美国公使从中斡旋调停，届时退掉比利时银行的借款而只从四国银行团告贷。四国银行团本都是些见利忘义的商人，见唐绍仪答应退掉比款，便也不再追究，双方继续进行善后大借款的谈判。比利时银行人微言轻，总归是干不过四国银行团，只好忍气吞声的将本金和利息索回了事。
在同四国银行团随后的谈判中，唐绍仪按袁总统的指示，要求借七千五百万两的巨款，比之前提出的数额多出数倍。四国银行团的洋大人也很是吃了一惊，问唐总理借款将作何用途，唐总理未经思考便随口答道：“无非是遣散军队等用处。”洋大人接口问道：“遣散军队到底要多少款项？”
唐总理一时也没有具体测算，只说至少要三千万两。洋大人听后便露出一副很不信任的样子，称借款可以，但必须要派人监督借款用途，不然就不肯出借。唐绍仪听后方知事态重大……那四川的保路运动不就是因为大借款引起？
正当借款谈判陷入困境时，内阁的财政总长熊希龄正好来到北京上任，唐绍仪也就趁势将这个借款重担推给了熊财长。熊希龄是湖南凤凰厅（今凤凰县）人，人称“熊凤凰”，其人从小就天资聪慧，14岁中秀才，18岁中举人，25岁中进士，少年新秀，思想新潮，在戊戌变法期间，曾参与湖南新政，后来又随同五大臣出国考察宪政，由此青云直上。1909年，熊希龄受命前往奉天省（今辽宁）整理地方财政税收，一时脱颖而出，被誉为朝中的理财高手。
辛亥革命后，熊希龄因赞成共和，便辞官回到上海并参加了章太炎组织的统一党（后合并为共和党）。在被唐总理提名为内阁财政总长后，熊希龄开始加以婉谢，但后来也是盛情难却，只得答应就任。不过，他没有立即前往北京，而是先在南京帮黄兴解决民军的军饷问题，之后才赴北京。
离开南京时，熊希龄也十分清楚南京那些民军缺乏军饷的窘状及其潜在的兵变危险，于是他上任后首先要做的事情就是筹集一笔借款先给黄兴，用以裁撤部队。这位新上任的财政总长的确有几分本事，他不但善于理财，而且口才很好（这点比唐总理强），硬是凭着三寸不烂之舌，将整个借款计划、用途及其归还方式等说得是头头是道，洋大人们也听得心悦诚服，当即便答应先垫款三百万两，随后再议善后大借款的具体事宜。
等到熊希龄兴致勃勃的要将好消息告诉黄兴时，南京方面却发来一纸电文，称：“垫款章程不但要监督中国财政，还要监督我国军队，是可忍孰不可忍？军队乃是国防之命脉，岂能容许外国人干涉到这种地步？熊财长难道忘记保路运动是怎么发生的吗？难道不知道埃及借债亡国的教训了吗？这二十年来，无数中华志士赴汤蹈火，不惜一死，方换得民国的今天，难道为了区区三百万的垫款就要将民国葬送？我们这些人只要还有一口气在，就绝不会承认这亡国的借款条件，请熊财长务必取缔借款”云云。
熊希龄被这么大义凛然的电报一吓，慌忙看这落款是谁，却见电报下角清清楚楚的写着“黄兴”及南京诸多民军将领的大名。熊希龄这下被气得是脊梁后背几乎要冒出火来……我这么辛辛苦苦的去和洋人们周旋，好不容易借得三百万银子，图的啥？不就是为了给你黄兴解燃眉之急吗？这下好，你倒狗咬吕洞宾，不识好人心，难道你忘了当初在电报里又是如何急吼吼催款的吗？
一怒之下，熊希龄便将黄兴催款的电报公之于众，并将南京民军因为缺饷而可能哗变的危险及其自己的委曲求全添油加醋的叙述了一番。不仅如此，熊希龄还在电报中讽刺黄兴缺乏政治经验，不懂经济，说要是黄兴在位的话，非得将民国葬送不可。
革命元勋黄兴与新任财长熊希龄的电报战，立刻引起了轩然大波。各地的都督、议员、报纸等等，纷纷各抒己见，有指责熊希龄软弱外交的、有大骂财长卖国的，也有批评黄兴不顾大局的，不一而足。
在舆论声浪的喧嚣中，临时参议院也来干涉，一些议员要求唐绍仪及其阁员前往参议院说明情况。在会议上，年轻气盛的议员们对唐绍仪群起责问，他们不但追问比利时银行借款的用途，还指责唐总理失信于国民、见嫌于邻国，甚至有人大骂唐绍仪是“亡国总理”。
唐绍仪哪里见过这般架势（这下知道民主的厉害了吧），竟在会场疲于应付，到后来干脆就失去反应，在那里呆若木鸡，一言不发。而熊希龄得知垫款一事已经泡汤之后，干脆就赌气不去部里上班，政务陷于停顿。
唐绍仪无端受了参议院的这番逼迫之后，也是气得无处发泄，当天晚上就向袁总统提请辞职。袁世凯虽然对唐绍仪不满，但他也不想让首任内阁这么快就垮台，只好温言挽留，劝唐绍仪稍安勿躁，姑且忍耐一二。
一波未平，一波又起。借款一事暂时搁下不提，直隶都督的人选问题又起波澜。原来，在辛亥革命后，各省都流行由本省人担任都督，如黎元洪督鄂、李烈钧督赣等，当时直隶一些议员如谷钟秀等人便提议由王芝祥担任直隶都督。
王芝祥，直隶通县人，原为广西布政使并兼巡防营统领，在辛亥革命中反正参加革命，后来由于陆荣廷出任广西都督，王芝祥在广西立足不住，便率部前往南京准备参加北伐。可惜北伐未果，南方革命党便想让他出任直隶都督，以扩大革命党的势力。
各位想，直隶是北洋军的心腹地带，卧榻之侧岂容他人鼾睡？因此，袁世凯对南方革命党的提议置之不理，而是任命了自己的心腹张锡銮出任直隶都督。唐绍仪在南京组阁期间，试图调和南北矛盾，当时也附和了南方革命党的要求，并向袁世凯提出由王芝祥出任直隶都督。袁世凯虽然心中不快，口头上却不作反对，只说让王芝祥先来北京。唐绍仪以为袁世凯已经同意任命王芝祥出任直隶都督，于是兴冲冲的给王芝祥发电报让他来京。
等王芝祥到了北京，唐绍仪请求袁世凯发布任命书的时候，袁世凯却拿出几份电报，却是直隶五路军界反对王芝祥就任都督的通电。唐绍仪看后极为气愤，说：“大总统前面已经答应，如何能失信于人？何况，军人干涉政治，恐怕非民国之福。”
袁世凯哼了一声，说：“之前那是你答应的，我何曾答应？王芝祥是革命党人，他要是来做直隶都督，岂不是引狼入室？”唐绍仪忿忿然道：“任命不任命那是内阁的职权，岂能因军人干涉就随意改变？再者，王芝祥已经到京，叫我这个内阁总理如何交代？”袁世凯掀须一笑，道：“这却不难，老夫自有办法。”
要说这民主社会，军人即当保持中立，不该干涉国内政治，但说起来容易，实际上却极难做到。在民国期间，军人干政几乎是稀松平常之事，之前的北京兵变、这次的五路军界通电与登峰造极的军阀政治相比，实在是小巫见大巫，不值一提。唐绍仪在年轻的时候亲身感受过美国的民主政治，他也意识到军人干政问题的严重性，但他手头没有枪杆子，又能奈何？倘若他有枪杆子，那岂不也是军人干政？这似乎是个奇特的悖论，而在上个世纪的中国始终无法跳出这个怪圈。
正当唐绍仪被弄得十分被动、不知道如何向王芝祥解释的时候，袁世凯却单独召见了王芝祥，答应给他一笔丰厚的经费，让他改任南方军队宣慰使，回南京协助江苏都督程德全遣散军队。唐总理的面子毕竟不如袁总统的大，而王芝祥原本也是个见风使舵的官僚，他在得到袁世凯的保证后，竟对朋友的支持置之不顾，一口答应了袁世凯的新任命。
等到王芝祥拿着任命书到了唐绍仪那里要他副署时，唐总理竟然完全蒙在鼓里，丝毫不知道这回事。等唐绍仪回过神来，这才知道他被上司袁总统和朋友王芝祥双双出卖！愤懑之下，唐绍仪断然拒绝了副署的要求，而王芝祥却是个很在乎官位的人，他竟然拿着没有内阁总理副署的任命书，径直赴南京就任去了！
当天晚上，唐绍仪一夜未眠，彷徨终夜。此时的他，想起就任总理一个多月来的种种挫辱和非难，心中仿佛打翻了百味瓶，伤心、愤懑、孤独、无奈，真是百感交集，一时俱来。独坐寒窗临孤月，唐绍仪不免自言自语道：“民主共和，乃《临时约法》所定。既然大总统的命令不需要内阁副署，我这个总理还当它做甚？”
言毕，唐绍仪心意已定，待到天色渐亮，他就收拾行囊，携家眷直接奔火车站往天津去了。