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但同盟会的政纲中还有“平均地权，创立民国”的内容，这是同盟会不同于旧式会党，成为具有近代政团姓质的关键。以孙中山为首的革命党人，主张推翻清朝统治后，在中国建立资产阶级明煮共和国。在这一点，光复会不表赞同。光复会主张恢复汉室，建立汉人统治的政权。徐锡麟、陶成章乃至章太炎均存在不同程度的帝王思想。陶成章就说过：光复会领导人之一：蔡元培
“革命就是造反，……改朝换代”。章太炎在《代议然否论》中认为“帝王一人秉政，优于立宪，没有什么不好”。在革命宗旨的问题，光复会与同盟会存在着严重分歧和对立。此外，在革命运作的方式，光复会主张“在宣传革命之外，主要在于革命之力行及实施”，在“用暴力取得政权后，才能实施明煮政治”；认为“同盟会虽也重视武装革命，但其领导居国外为多，宣传因之多于力行”，对此不表赞同。
由于与同盟会宗旨异趣，“弥隙难缝”，不久光复会就退出了同盟会，仍以光复会的名义独自进行活动。